Depuis le 1er septembre 2024, la gestion des arrêts maladie successifs a profondément changé. La Caisse nationale d’assurance maladie (CNAM) a revu sa doctrine : les jours non couverts par une prescription médicale entre deux arrêts ne sont plus indemnisés, même s’il s’agit d’un week-end. Un salarié peut se retrouver face à un deuxième arrêt initial sans en mesurer les conséquences financières immédiates. À partir du 1er septembre 2026, une nouvelle contrainte s’ajoutera : la primo-prescription ne pourra pas dépasser un mois auprès du médecin traitant. Comprendre ces règles, c’est éviter des pertes d’indemnisation évitables.
Quelle est la différence entre un arrêt initial et une prolongation d’arrêt maladie ?
Un arrêt de travail initial marque le point de départ d’une nouvelle période d’incapacité. Une prolongation, elle, s’inscrit dans la continuité du premier arrêt, sans rupture administrative.
La qualification retenue dépend directement de la durée de l’interruption entre les deux prescriptions. La CNAM applique des critères stricts :
- Une interruption de 1 ou 2 jours calendaires peut permettre une prolongation si le médecin la prescrit comme telle.
- Une interruption supérieure à 2 jours entraîne automatiquement la requalification en nouvel arrêt initial.
- Une interruption dépassant 3 jours conduit à la requalification même si le médecin a coché la case prolongation sur les volets.
Attention — la mention portée sur le certificat médical ne suffit pas. La CNAM peut requalifier unilatéralement l’arrêt selon les articles L. 323-1 et suivants ainsi que l’article R. 323-1 du Code de la sécurité sociale. C’est la durée réelle de l’interruption qui prime.
Quel délai respecter entre deux arrêts de travail pour éviter un nouveau délai de carence ?
Depuis la réforme du 1er septembre 2024, issue de la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la Sécurité sociale pour 2026, toute journée non couverte par une prescription est exclue de l’indemnisation. Week-end compris.
| Durée de l’interruption | Type du 2e arrêt | Nouveau délai de carence | Nouvelle attestation de salaire |
|---|---|---|---|
| 1 ou 2 jours calendaires | Prolongation | Non | Non |
| 1 ou 2 jours calendaires | Initial | Oui (3 jours) | Oui |
| Plus de 2 jours calendaires | Initial ou requalifié | Oui (3 jours) | Oui |
Prenons un exemple concret : un salarié arrêté du 30 juin au 4 juillet, puis de nouveau à compter du 7 juillet. Les 5 et 6 juillet (samedi et dimanche) sont des jours non prescrits. Résultat — aucune indemnité journalière ne couvre ces deux jours, et un nouveau délai de carence de 3 jours s’applique dès le 7 juillet.
Notre recommandation est claire : consultez votre médecin avant la fin de votre arrêt en cours. La continuité de la prescription médicale est le seul moyen d’éviter ces ruptures d’indemnisation.
Quelles démarches effectuer pour un deuxième arrêt de travail initial ?
Les obligations immédiates du salarié
Face à un nouvel arrêt initial, plusieurs démarches s’imposent sans délai. L’avis d’arrêt de travail doit être transmis à l’employeur et à la CPAM dans les 48 heures. Un envoi tardif peut entraîner la suspension des IJSS.
- Envoyer les volets 1 et 2 à la CPAM dans les 48 heures.
- Remettre le volet 3 à l’employeur pour déclencher l’attestation de salaire.
- Vérifier que l’employeur effectue un nouveau signalement en DSN.
- Conserver une copie des documents transmis pour anticiper toute demande de régularisation.
La téléconsultation peut permettre d’obtenir un deuxième arrêt initial, sous réserve des règles en vigueur selon chaque médecin et plateforme. Elle ne dispense pas des obligations d’envoi des volets dans les délais.
La règle à venir dès septembre 2026
À partir du 1er septembre 2026, la primo-prescription sera limitée à un mois auprès du médecin traitant. En cas de prolongation, le plafond sera porté à deux mois. Des dérogations resteront possibles si le médecin justifie médicalement d’une durée supérieure. Cette évolution touche directement les salariés souffrant de perte de sens au travail, fréquemment confrontés à des arrêts longs et répétés.
Quelles sont les conséquences financières d’un deuxième arrêt de travail initial pour le salarié et l’employeur ?
Les impacts sont immédiats et cumulatifs. Pour le salarié, les jours non couverts entre les deux arrêts ne génèrent aucune indemnisation de l’Assurance maladie. À cela s’ajoute un nouveau délai de carence de 3 jours sans revenus de remplacement.
Du côté de l’employeur, la situation est tout aussi délicate. Les conventions collectives prévoient souvent un maintien de salaire complémentaire aux IJSS. Mais si la CPAM ne verse pas ces indemnités journalières — notamment pour les jours non prescrits — le complément employeur devient lui aussi incertain, sauf disposition conventionnelle plus favorable.
- Erreurs de calcul dans la DSN si le nouveau signalement d’arrêt est omis.
- Retards d’indemnisation pouvant atteindre plusieurs semaines.
- Demandes de régularisation a posteriori de la part de la CPAM.
Des voies de recours existent en cas de refus d’indemnisation. Leur issue dépend largement de la capacité du salarié à valider l’impossibilité de consulter son médecin à temps — difficulté d’accès en fin de semaine, indisponibilité du praticien. La bonne foi ne suffit pas : c’est la preuve documentée qui compte.