En 2021, 12 millions de patients en France souffraient d’une maladie chronique reconnue dans le dispositif d’affection de longue durée (ALD). Selon la Drees en 2024, les arrêts maladie ont connu une accélération notable depuis 2019, bien au-delà des seuls effets de la crise sanitaire liée au Covid-19. Ce phénomène massif pose une question concrète : que devient votre retraite quand vous êtes éloigné du travail pendant des mois, voire des années ?
La distinction entre arrêt maladie classique, ALD et maladie professionnelle n’est pas qu’une question de vocabulaire. Elle conditionne des droits radicalement distincts au moment du départ à la retraite. Trimestres validés, montant de la pension, retraite anticipée possible ou non : les règles changent selon votre situation. Nous allons passer en revue chaque cas, pour vous permettre d’y voir clairement.
Arrêt maladie longue durée : de quoi parle-t-on exactement ?
Un arrêt maladie est qualifié de longue durée sur la base de critères médicaux précis, généralement au-delà de six mois consécutifs. Ce n’est pas la même chose qu’une affection de longue durée. Une ALD désigne une maladie grave ou chronique, comme un diabète, un cancer ou une sclérose en plaques, nécessitant un suivi prolongé et des soins coûteux. Un salarié peut être en arrêt prolongé sans être reconnu en ALD, et inversement.
Pendant toute la durée de l’arrêt, le contrat de travail est juridiquement suspendu : vous conservez votre statut, mais vous ne travaillez pas. Pour les agents publics, des dispositifs spécifiques encadrent ces situations. Le Congé de Longue Maladie (CLM) est accordé pour une durée maximale de trois ans, avec maintien du traitement à taux plein pendant un an, puis à demi-traitement les deux années suivantes. Le Congé de Longue Durée (CLD), réservé aux maladies les plus graves, peut aller jusqu’à cinq ans, avec trois ans à plein traitement puis deux ans à demi-traitement.
Validation des trimestres pendant un arrêt maladie prolongé
Bonne nouvelle : il est tout à fait possible de valider des trimestres de retraite pendant un arrêt maladie, à condition de percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale. La règle est claire : un trimestre est attribué tous les 60 jours d’indemnisation, dans la limite de quatre trimestres par an.
En 2025, le seuil minimal d’indemnités pour valider un trimestre est fixé à 1 782 euros bruts par trimestre. La durée maximale de versement des indemnités journalières est de douze mois par période de trois ans pour un arrêt classique. Cette durée est portée à trois ans si l’assuré souffre d’une ALD reconnue, ce qui représente un avantage considérable.
| Type d’arrêt | Durée max d’indemnisation | Trimestres max/an |
|---|---|---|
| Arrêt maladie classique | 12 mois / 3 ans | 4 trimestres |
| Arrêt maladie avec ALD | 3 ans | 4 trimestres |
| CLM (fonctionnaire) | 3 ans | Droits intégraux si traitement maintenu |
| CLD (fonctionnaire) | 5 ans | Droits intégraux si traitement maintenu |
Les agents publics en CLM ou CLD conservent l’intégralité de leurs droits à la retraite tant que leur traitement est maintenu. À noter : pour la retraite anticipée pour carrière longue, les périodes d’arrêt maladie comptabilisées sont limitées à quatre trimestres maximum.
Conséquences d’un arrêt long sur le montant de votre pension de base
La pension de retraite de base des salariés du secteur privé repose sur la moyenne des salaires bruts des 25 meilleures années de carrière, dans la limite du plafond annuel de la Sécurité sociale. La retraite de base à taux plein est égale à 50 % de ce Salaire Annuel Moyen (SAM).
Le problème central : aucune cotisation vieillesse n’est prélevée sur les indemnités journalières. Ces dernières ne sont donc pas intégrées dans le calcul du SAM. Si votre arrêt survient pendant vos années de salaire le plus élevé, souvent en fin de carrière, une année entière pourrait sortir du calcul avantageux.
| Situation | Impact sur le SAM | Impact sur la pension |
|---|---|---|
| Arrêt en début de carrière (salaire bas) | Faible, l’année est probablement écartée | Neutre |
| Arrêt en fin de carrière (salaire élevé) | Fort, l’année sort du top 25 | Négatif |
| Carrière hachée | Lissage partiel par sélection des 25 meilleures | Atténué |
La règle des 25 meilleures années offre un filet partiel. Elle permet de lisser les effets des carrières irrégulières, mais ne compense pas entièrement un arrêt long survenu à un moment décisif.

Arrêt maladie longue durée et retraite complémentaire : quels droits ?
Pour la retraite complémentaire Agirc-Arrco, des points gratuits sont attribués dès lors que l’arrêt dépasse 60 jours consécutifs et que l’assuré perçoit des indemnités journalières de l’Assurance maladie. Il faut pouvoir en apporter la preuve.
Ces points sont calculés sur la base de ceux acquis l’année précédant l’arrêt. Ils ne peuvent pas dépasser ce niveau : si vous avez bénéficié d’une augmentation de salaire récente juste avant l’arrêt, vous risquez de perdre des points de retraite complémentaire par rapport à ce que vous auriez normalement accumulé.
| Régime complémentaire | Condition d’attribution de points | Plafond |
|---|---|---|
| Agirc-Arrco (salariés privé) | Arrêt > 60 jours consécutifs + IJSS prouvées | Points de l’année précédente |
| RAFP (fonctionnaires) | CLM ou CLD avec réduction de traitement | Assiette fictive (pas le salaire réel) |
| IRCEC (artistes-auteurs) | Exonération totale pour raison médicale | 6 points attribués |
Pour les fonctionnaires, la RAFP (Retraite Additionnelle de la Fonction Publique) gère la retraite complémentaire. En CLM ou CLD, si le traitement est réduit, les points sont calculés à partir d’une assiette fictive, et non sur le salaire réellement perçu. Cette règle protège partiellement les agents contre une perte sèche de droits.
Maladie professionnelle : un statut aux conséquences très différentes pour la retraite
Reconnaître une maladie comme professionnelle change profondément les droits à la retraite. Un arrêt d’origine professionnelle ouvre droit à une retraite anticipée au taux plein, ce qu’un arrêt maladie classique ne permet pas.
- Si le taux d’incapacité permanente est compris entre 10 et 19 %, le départ est possible deux ans avant l’âge légal.
- Dès 60 ans si ce taux atteint au moins 20 %.
- Les indemnités journalières de maladie professionnelle sont versées durant toute la période d’incapacité, jusqu’à guérison ou consolidation de l’état.
Autre avantage décisif : il est possible de cumuler la pension de retraite et les indemnités journalières pendant un arrêt pour maladie professionnelle. Ce cumul n’existe pas lors d’un arrêt maladie classique : le passage à la retraite fait perdre immédiatement les indemnités versées par l’Assurance maladie. La maladie professionnelle ouvre aussi droit à la gratuité des soins liés à la pathologie reconnue.
Inaptitude, invalidité et départ anticipé à la retraite : quelles possibilités ?
L’inaptitude et l’invalidité sont deux notions distinctes. L’inaptitude est évaluée par la médecine du travail, tandis que l’invalidité relève de la Sécurité sociale. Les confondre peut amener à passer à côté de droits importants.
| Situation | Âge de départ | Condition | Taux plein |
|---|---|---|---|
| Inaptitude (maladie non professionnelle) | Dès 62 ans | Quelle que soit la durée de cotisation | Oui |
| Incapacité permanente ≥ 50 % | Avant l’âge légal | Demande spécifique | Oui (automatique) |
| Cas général (né après 1968) | 64 ans | 172 trimestres | Oui |
| Sans condition de trimestres | 67 ans | Aucune | Oui |
Sans ces situations particulières, le taux de retraite de 50 % subit une décote de 0,625 % par trimestre manquant, dans la limite de 20 trimestres. Pour les personnes nées à partir de 1968, 172 trimestres sont nécessaires pour obtenir le taux plein à 64 ans.

Accident du travail et arrêt prolongé : effets spécifiques sur la retraite
Les droits à la retraite après un accident du travail dépendent directement de la nature de l’incapacité reconnue. En cas d’incapacité temporaire, la règle rejoint celle d’un arrêt classique : un trimestre tous les 60 jours d’indemnisation, dans la limite de quatre par an.
- En cas d’incapacité permanente : départ en retraite anticipée possible dès 60 ans.
- En cas d’inaptitude au travail consécutive à l’accident : retraite à taux plein dès 62 ans.
- Pendant l’arrêt pour maladie professionnelle : cumul possible de la pension et des indemnités journalières jusqu’à la fin de l’indemnisation.
Ce cumul est impossible lors d’un arrêt maladie ordinaire. Le passage à la retraite dans ce cadre met fin immédiatement aux indemnités journalières versées par l’Assurance maladie, car le statut de salarié cesse. C’est une différence de taille qu’il vaut mieux anticiper avant de prendre toute décision.
Régimes spéciaux : des règles qui méritent attention
Plusieurs catégories professionnelles bénéficient de dispositions particulières que nous ne pouvons pas passer sous silence. Les salariés ferroviaires, par exemple, voient leurs cotisations retraite maintenues pendant leurs arrêts maladie comme s’ils étaient en activité. Les personnels de l’Opéra national de Paris bénéficient d’une validation totale de leurs périodes d’arrêt.
- Les personnels navigants de l’aéronautique civile peuvent racheter ou compléter leurs périodes d’arrêt selon le code de l’aviation civile.
- Dans les industries électriques et gazières, les arrêts supérieurs à un an sont validés sur trois ans à plein salaire, puis deux ans à demi-salaire.
- Les avocats relevant de la CNBF bénéficient d’une exonération complète de cotisations au-delà de six mois consécutifs d’incapacité.
- Les clercs et employés de notaires valident un trimestre pour 90 jours d’indemnisation, contre 60 jours dans le régime général.
Le député Yannick Monnet (Gauche Démocrate et Républicaine de l’Allier) a posé une question parlementaire sur l’impact d’une ALD sur les cotisations retraite des salariés du privé le 22 octobre 2024. Le ministère du Travail et Emploi a répondu le 4 mars 2025, confirmant que ces sujets font l’objet d’une attention croissante au niveau législatif.
Faire le point sur sa carrière et anticiper après un arrêt prolongé
Consulter son Relevé Individuel de Situation, accessible via le portail de l’Assurance Retraite, constitue la première démarche concrète à accomplir. Nous recommandons de le faire dès 35 ans, puis après tout arrêt long. Ce document retrace année par année les trimestres acquis et les salaires pris en compte pour le calcul futur de la pension.
Si des trimestres manquent ou semblent mal reportés, une demande de régularisation de carrière est possible en fournissant les justificatifs adéquats : arrêts de travail, bulletins d’indemnité journalière, etc. En cas de trimestres insuffisants, le rachat reste une formule. Son coût varie de 1 055 à 6 015 euros en 2024 pour les salariés du privé, selon le trimestre concerné et l’âge au moment du rachat.
| Démarche | Quand agir | Interlocuteur |
|---|---|---|
| Consulter le RIS | Dès 35 ans, après tout arrêt long | Portail Assurance Retraite |
| Demande de régularisation | Dès constat d’une anomalie | Caisse de retraite |
| Rachat de trimestres | Avant le départ en retraite | Caisse de retraite |
| Entretien de reprise | Obligatoire si arrêt > 30 jours | Médecin du travail + employeur |
Un arrêt prolongé peut aussi déclencher une réflexion plus profonde sur la suite. Le temps partiel thérapeutique, mis en place par prescription médicale, permet de reprendre progressivement sans rupture du contrat. C’est parfois l’occasion d’envisager une reconversion vers un poste mieux adapté à ses nouvelles capacités, voire un changement de rythme de vie. La retraite ne se prépare pas uniquement sur le papier : elle se construit aussi dans les choix professionnels qui suivent un arrêt.

